Ricostruita o ampliata nello stesso periodo in forme tardogotiche, e ristrutturata nel corso di due secoli e mezzo in modo progressivo sino a non aver più quasi nulla, ad eccezione della torre campanaria e di una parte dell’ingresso laterale, dell’impianto quattrocentesco.

Nella chiesa, ormai arricchita da pie fondazioni e da decorazioni barocche pittoriche e plastiche, il battistero fu spostato dalla cappella a metà del lato destro ad una nuova, costruita all’ estremità di quello opposto verso la facciata. Il vano lasciato libero, coperto da volta a botte, fu destinato alla cantoria e all’organo; sotto la grande struttura lignea fu realizzato anche un confessionale. Il complesso rimase semigrezzo per vari anni, ma già nel 1730-31 veniva realizzato l’organo secondo il contratto stilato con Giuseppe Serassi (Serazzi) da Orandola in Valmenaggio, abitante già d’allora in Bergamo: questo artefice realizzò uno strumento su base di 8 piedi, con piramide maschile (Principale e Ripieno) di otto file, mutazioni femminili in quinta e in terza e i soliti altri registri anche d’ effetto (cfr. contratto riprodotto in appendice): interessante la clausola relativa al “sum-miere capace per tutti li registri ed anche d’accrescere”. L’organaro fu pagato 1400 lire, ma la chiesa dovette sostenere spese per altre 400. Nel 1737 risultava nell’inventario che l’organo era su base di 8 piedi, con 16 registri e 4 mantici.

La prima riparazione documentata, a cura dello stesso Serassi, fu nel febbraio 1743; l’anno seguente cantoria e cassa dell’organo furono decorate con pitture a guazzo e dorature da Carlo Farina (pagato lire 135), ritoccate dieci anni dopo da Filippo Fiori di Como.

Nel 1747 fu Domenico Caccia ad accomodare lo strumento, con una spesa globale per la chiesa di lire 89 e spiccioli.

Nel 1764 fu la volta di Giuseppe Antonio Canonica, pagato lire 55, nel 1775 di Francesco Brevi (lire 60), nel 1788 di Giuseppe Colombi di Gottro (lire 27 e mezza). Nel 1815 accordava e nettava l’organo Carlo Malighetti (probabilmente di Morbegno) per lire 48; nel 1822 si pagavano lire 99 a Giovanni Decartis per “l’istaurare l’organo tutto guasto”; nel 1832 lavorò Giambattista Bianchi.

Infine nel 1845 lo strumento subì un completo restauro ad opera di Livio Tomaghi da Monza, secondo l’accordo stilato il 19 luglio 1844 e l’aggiunta del 2 novembre 1845. In totale l’organaro fu pagato 2218 lire austriache.

Il lavoro di ampliamento comportò l’aggiunta di un somiere a vento e di altri minori per basseria e registri d’effetto; in particolare furono aggiunti Fagotti bassi. Trombe soprane, Flutta soprana. Ottavino basso. Il lavoro fu collaudato dal signor Benvenuto Perego organista di Domaso il 7 dicembre 1845. Nel periodo seguente sono registrati interventi di manutenzione nel 1884 e, molto più consistente, ad opera di Giovanni Marcili di Milano nel 1891. 
Un altro, con probabile sostituzione di un paio di registri, avvenne nel 1915, ed un ultimo, con posa in opera di un elettroventilatore nella camera dei mantici, fu effettuato da M. De Rocchi di Casalzuigno nel 1964.

Attualmente l’organo si presenta con facciata poco sporgente dal suo vano, con coronamento mistili-neo molto più alto dell’arco (largh. 300, alt. 410, prof. 050+180); le canne di facciata, divise in cinque campi a cuspide con bocche a mitria allineate, in lega forte di stagno, appartengono al Principale 1° e sono 5 nei campi dispari. 7 in quelli pari, con due organetti morti di 7 canne sopra questi ultimi. Il prospetto è riparato da un tendone a saracinesca.

Consolle a finestra, posta al centro, con una tastiera in osso ed ebano di 52 note, prima ottava corta e una pedaliera piana, rifatta in questo secolo, con prima ottava cromatica, 17 note e 18mo pedale ad incastro per la Terzamano.