Le prime notizie della Chiesa, che risale probabilmente al XII sec., si hanno da un documento del 1337 nel quale essa risulta dedicata ai SS. Nazario e Celso. Più tardi, nel 1387, viene eretta in Parrocchia, allora comprendente il territorio di Pianello del Lario, sotto la protezione di S. Biagio.
L’edificio attuale, del 1507 (data scolpita sopra il portale maggiore), è in stile romanico-lombardo a tre navate, con pianta basilicale e abside semicircolare rivolta ad Oriente, da cui, secondo la tradizione Cristiana, proviene Cristo Luce del Mondo. La facciata a capanna, tipica del romanico è decorata con archetti poggianti su mensole di marmo e anticamente era dipinta a riquadri dalle tinte vivaci (rosso, verde, giallo) come appare dal parziale recente rifacimento a lato del portale destro. Si ritiene che tale decorazione a colori fosse stata ammessa verso la fine del ’500 come reazione al grigiore morale dell’eresia protestante già diffusa in Svizzera che tentava di infiltrarsi anche qui attraverso la Valtellina.
Nella facciata si aprono tre porte marmoree ciascuna in corrispondenza ad ogni navata con arco a tutto sesto anche questo elemento caratteristico dello stile romanico.
Sulle tre lunette sono affrescate scene della vita di S. Biagio, il quale è ritratto con la veste bianca, come si usava in Oriente. Sopra il portale di centro c’era un rosone, che nello stile romanico aveva una funzione simbolica (la “rosa” richiamava l’idea della Madonna). Il rosone venne murato nel 1812 per consentire la collocazione dell’organo Serassi.
Questo bellissimo strumento fu acquistato con una pubblica sottoscrizione nel 1812 dalla ditta Serassi di Bergamo, data l’impossibilità di avere un organo usato appartenuto alle chiese dei conventi soppressi dalle leggi napoleoniche. Furono richieste offerte a molti emigranti che le mandarono anche da Buenos Aires e furono persino regalati, ma inutilmente, due fagiani alle autorità competenti per ottenere un organo usato.
L’abside poggia su una robusta costruzione ad archi, che ricordano quelli decorativi della facciata ed attorno ad essa c’è un piccolo sagrato semicircolare da cui si domina il lago.
Sul fianco destro, un portichetto formato da tre archi poggianti su colonne, fiancheggia un piazzale, in cui vi è una vasca battesimale ad immersione, di forma ottagonale, scavata in un solo blocco di marmo di Musso, probabilmente risalente alla fondazione della chiesa.
Sotto il portico è murata una lastra tombale, piuttosto rovinata, dei Malacrida, Signori di Musso, in cui si riconoscono a stento un grifone a due teste, stemma di famiglia e i nomi di alcuni componenti di tale casato, con data di nascita e di morte.
Sullo stesso muro sono infissi un’iscrizione in marmo con l’elenco dei parroci di Musso e un tondo marmoreo con agnellino in bassorilievo, si tratta probabilmente di scultura antica ed è ben conservato.
L’interno è diviso a tre navate come quasi tutte le chiese romaniche (il “tre” è un numero simbolico, in quanto rappresenta la Trinità); le due laterali sono coperte da una volta a crociera e quella centrale a capriate di legno scoperto. Le navate sono divise l’una dall’altra da due file di tre colonne monolitiche di marmo di Musso, i cui capitelli a foglia d’acanto sostengono le arcate.
Sulla volta dell’abside vi era un tempo un affresco raffigurante il Redentore nell’atto di benedire e sotto erano dipinti i simboli dei quattro Evangelisti, motivo assai diffuso in quel periodo.
Il robusto campanile attuale risale al 1730, ed è stato costruito dopo la demolizione di quello più antico, che sorgeva in fondo al porticato e che probabilmente era della stessa Chiesa primitiva.
Alla fine del secolo lo stato della chiesa era così miserevole che il nuovo parroco don Leopoldo Moioli decise di compiere operazioni radicali. Lasciò nell’archivio parrocchiale una descrizione molto particolareggiata del miserrimo stato della costruzione, che aveva ormai molti secoli alle spalle.
Purtroppo quasi tutte le pitture antiche sono andate perdute e, in seguito ai restauri del 1893, la volta absidale è stata riaffrescata con la Gloria di S. Biagio ad opera del Tagliaferri di Pagnona.
L’umidità causata dalle infiltrazioni d’acqua del tetto aveva danneggiato le pitture antiche della navata laterale di sinistra, ormai irrecuperabilmente e il soffitto era rappezzato alla meglio.
Il secolo seguente, funestato da due terribili guerre mondiali, vide un succedersi di migliorie anche alle varie chiesette nelle frazioni e sui monti e di avvenimenti periodici molto sentiti come le Sante Missioni e la Madonna Pellegrina, le feste tradizionali con grande partecipazione popolare, secondo una coreografia che assegnava a ciascun componente della comunità (sacerdoti, consorelle confratelli, Agnesine, Luigini, compagnia di S. Biagio, cantori e suonatori) un ruolo consono alla propria funzione.
Nel 1983 fu necessario rifare il tetto e venne modificato il presbiterio ed il coro riportandoli al loro disegno originario.
Durante le opere di ristrutturazione affiorarono i due affreschi di santi ai lati dell’altare, sui pilastri dell’arcone del presbiterio.
I due santi liberati dall’intonaco che li ricopriva durante gli interventi del 1985, sono forse S. Antonio col pastorale, a sinistra, e sicuramente S. Defendente nella sua ferrea armatura a destra.
Si è pensato al primo, perché l’altare al suo fianco era dedicato ai santi Antonio, Gottardo, Bartolomeo e Nicola da Tolentino, e si è certi del secondo perché vi compare la scritta “S. Defend….”. Il santo, nell’agiografia cristiana, è ricordato come uno dei militi della legione Tebana martirizzati presso il Rodano.
La presenza di Sant’Antonio protettore dalle malattie, e di Sant Defendente, protettore dai lupi e dagli incendi, è pienamente rispondente alle devozioni della zona.
Gli studi critici, compiuti sui due affreschi, hanno rivelato un’impronta della pittura del bresciano Vincenzo Foppa nella presentazione statuaria di S. Antonio e la mano di Battista da Musso nell’impostazione convincente del guerriero.
Questo pittore locale originario del nostro paese è ben documentato nell’ultimo ventennio del Quattrocento e nei primi anni del Cinquecento. Anche se la sua levatura è modesta, è importante proprio perché dimostra una qualche conoscenza della pittura lombarda del primo Rinascimento.
Nel 1499 il nostro Battista firma una Madonna in trono col Bambino tra i santi Sebastiano e Rocco sul muro laterale del presbiterio della chiesa di S. Vito a Cremia, affresco venuto alla luce alla metà del Novecento e irrimediabilmente sbiadito ma col nome e la data ben leggibili.
Pur non firmandole, Battista lasciò sue opere in tutto il nostro territorio, lungo la valle che da Musso porta a Stazzona, Germasino e Garzeno. Certamente il modo di dipingere di Battista ha il suo fondamento nella tradizione, conosce i De Magistris e la pittura devozionale, ma il gusto dei volti e dei panneggi rivela la mano di un abile frescante attento al nuovo.
All’interno di S. Biagio catturano subito l’attenzione i dipinti ad olio dell’adorazione dei Magi e dell’Annunciazione, posti sui due altari laterali delle navate.
La prima è una raffinata tela cinquecentesca di scuola Veneta piena di colori vibranti e di movimento, in cui tutta l’attenzione degli astanti converge sulla figura dolcissima del Bambino benedicente; la seconda tela secentesca, ispirata al Morazzone è  ricca di suggestione e spiritualità nelle figure leggere dell’Angelo e di Maria.
Nel presbiterio a fianco del Crocifisso del Seicento sono collocate due tele di Santi firmati da Carlo Gerolamo Castelli, nato e vissuto a Musso tra il 1689 ed il 1758.
Altre tele di buona fattura e tutte restaurate ornano le pareti delle navate: la Deposizione che risente del manierismo Cinquecentesco di derivazione milanese, i Santi Nazario e Celso ai lati del Vescovo assiso in trono, S. Eufemia in mezzo alla sua gente, di recente restaurato ed esposto.
Nella cappella feriale si può ammirare un antico quadro Cinquecentesco di scuola fiamminga dedicato alla Vergine col Bambino ed una tela raffigurante S. Gerolamo, della scuola del Caravaggio.

Parroci di Musso
 
La grandissima maggioranza dei nostri pastori erano persone che conoscevano bene sia l’ambiente che i costumi perché provenivano dai paesi limitrofi e potevano inserirsi facilmente nel nostro tessuto sociale.
Il primo parroco di cui si abbia notizia è Pietro de Capellis, il cui nome compare nel 1394 in un atto notarile come beneficiario di una somma elargita da Maffiolo di Croda, così come il nome del secondo Abbondio de Cathaneis è presente in documenti degli anni 1425, 1426 e 1428.
Gli succedono Antonio de Adrianus di Corenno (1440-48) e Biagio de Ferrari (1471 – 1483) di Musso, entrambi di antiche e ben note famiglie.
Abbiamo anche notizia del lascito da parte dei Ferrari di una forte somma di denaro a favore dell’istituzione note come Luogo Pio Elemosiniero, fondata nel 1547 dal nobile Pellizzari di Musso, che elargiva doni e benefici ai poveri. Dalla famiglia Malacrida provengono Pietro e Gregorio alla fine del Quattrocento, mentre nel 1519 è nominato Gottardo Pellizzari, la cui famiglia era stimata anche dagli Sforza che l’avevano insignita della cittadinanza milanese.
Durante gli anni seguenti, che furono di grande prosperità per il dominio del Medeghino si pensa che il fratello Gian Angelo, diventato Papa col nome di Pio IV, abbia officiato nella nostra chiesa con grande pompa.
Fu nominato parroco nel 1557 Paulus Butius, di Bellinzona di 30 anni rettore anche della Chiesa di S. Eufemia posta nel castello di Musso.
Gli fece seguito dal 1587 al 1596 Matteo De Cattaneis Della Torre, che fu parroco dal 1587 al 1599, in un periodo di grande decadenza morale durante l’occupazione spagnola del ducato, prima che la Chiesa arrivasse al suo rinnovamento col concilio di Trento. Anche le condizioni della popolazione erano miserrime tanto che essa si ridusse di molte unità per la carestia e le pestilenze.
Un sacerdote  di Vercana, Giovanni Aggio di Donato tenne la parrocchia fino al 1637, quando morì di peste come tanti altri parrocchiani, fu seguito da Cingoli Gabriele Musacchio di Brindisi, che la tenne per trent’anni. Per impetrare grazie contro le epidemie fu eretto l’oratorio di S. Rocco a Campagnano e l’altare della Madonna del Carmine nella parrocchiale.
Alla sua morte fu nominato parroco Giovan Battista Manzi, discendente di una nobile famiglia originaria di Cremia che si era installata a Musso alla fine del Cinquecento e da cui sarebbero pervenuti molti religiosi e notai. Don Manzi celebrò a Musso per ventitré anni e quando morì nel 1690, fu sepolto come i suoi predecessori sotto il pavimento della Chiesa.
Negli ultimi anni lo supplì nelle funzioni il nipote don Carlo Manzi, poi coadiutore ed arciprete a Dongo.
Don Giuseppe Nicola Castelli ne prese il posto fino al 1719, quando fu investito, dietro sua richiesta del titolo di canonico di Dongo e lasciò la parrocchia nel 1756 nelle mani del nipote Pietro Martire Castelli.
Egli rimase in carica per trentasei anni, fece costruire il nuovo campanile nel 1730 e fu assistito dal nipote coadiutore Carlo Francesco, uno dei tanti membri religiosi della famosa famiglia che ebbe origine prima del Mille a Menaggio e in Valtellina e diede anche i natali a pittori come Gerolamo, che lasciò alcune sue tele alla nostra chiesa.
Giuseppe Alippi tenne S. Biagio per soli due anni e nel gennaio 1760 fu sostituito da Rinaldo Mossi di Bellagio che rimase in carica per trentun anni, fino al 1791, anno in cui si dimise ritirandosi a Terza in una casa di sua proprietà.
Giovanni Maria Calcaterra successe a Mossi dal 1791 al 1796 e fu il primo che portò il titolo di Prevosto.
Il suo coadiutore Giovan Battista Tassi di Musso gli subentrò nel 1796 e restò in carica fino alla morte avvenuta nel 1827 a 58 anni.
Nel suo testamento lasciava ogni suo avere ai poveri di Musso e alla Chiesa, (e fu quindi il più benemerito parroco della nostra parrocchia). La sua salma non fu più deposta in chiesa secondo l’usanza, ma nel cimitero che fu fabbricato sul fondo di S. Marta, secondo le nuove leggi che ne ordinavano l’ubicazione fuori dai centri abitati. Si sa inoltre che prima i morti si seppellivano nel sagrato della chiesa e nel giardinetto dei Confratelli, come testimonia il ritrovamento delle ossa e l’uso di compiervi le esequie. Nella cappella mortuaria della famiglia Manzi una lapide ricorda le sue benemerenze legate a un forte lascito a favore dei poveri e delle fanciulle senza dote.
Per più di cinquant’anni durò il ministero di Giuseppe Rumi di Dongo, che prima di morire nel 1880 dettò l’epigrafe da mettere sul suo sepolcro, tracciando la sua figura di prete povero e semplice “nihil cupidus, parvi contentus”, desideroso di niente e contento di poco, in mezzo al suo gregge.
Per pochi anni (dal 1881 al 1887) tenne la parrocchia Giovan Battista Rizzola, poiché fu colpito da una grave malattia che lo condusse a morte nel 1890.
Negli ultimi tempi lo sostituì un prete grandissimo e generoso, don Luigi Guanella, economo di Pianello e fondatore della Casa della Divina Provvidenza.
Nei vent’anni successivi compì il suo ministero Leopoldo Moioli di Olcio, che fece il suo ingresso a Musso l’8 luglio 1887 provenendo da Verceia.
La sua opera più importante, prima di diventare arciprete di Chiavenna, fu il restauro della chiesa parrocchiale, cui si dedicò con grandissima passione e di cui lasciò molte e precise testimonianze nell’archivio parrocchiale.
Lo seguirono don Francesco Martinetti di Vercana, che guidò la chiesa dal 1899 fino alla fine della prima guerra mondiale, quando diventò arciprete di Lenno, e don Pietro Delle Baite da Lovero Valtellino, che fu amato pastore per vent’anni, dal 1921 al 1941.
All’inizio della seconda guerra mondiale, il 23 marzo 1941, divenne parroco don Enea Mainetti di Mandello del Lario. Fu il primo comasco a studiare nella Pontificia Università Gregoriana, dove si laureò in teologia, e fu grande studioso e appassionato di musica sacra, divenendo nel 1923 direttore della Schola Cantorum di Sant’Abbondio a Como e poi maestro di musica gregoriana.
Visse con la sua gente i tempi terribili della guerra ed ebbe parte attiva nelle vicende del passaggio della colonna di Mussolini il 27 aprile ’45, impedendo col suo intervento eventuali danni e sofferenze al paese, fu poi nominato parroco di Uggiate.
Don Pietro Lafranconi, originario di Mandello come don Mainetti entrò a Musso l’otto dicembre 1946. Ebbe l’intuizione di acquistare il terreno sul quale, ora, sorge l’oratorio.
Divenuto arciprete di Dongo, nel 1953, la parrocchia fu assegnata a don Marino Lafranconi, che eseguì opere di manutenzione nelle varie Chiese. Lasciò la parrocchia nel 1970, dopo aver ultimato la ristrutturazione di San Bernardo.
A lui successe don Franco Broggi, nativo di Dongo. Pur restando a Musso solo due anni per motivi di salute, si impegnò a far conoscere lo spirito del Concilio Vaticano II per aiutare i fedeli a passare da una fede, a volte, tradizionale ad una fede più personale e comunitaria.
Al suo ritiro subentrò per otto anni il Valtellinese don Paolo Trussoni che continuò, con competenza, questo impegno formativo.
Successe nel 1980 don Giorgio Della Valle di Colico, che decise di dedicarsi con passione alla formazione delle persone e alle opere di cui da tempo si sentiva la necessità; prima fra tutte il nuovo oratorio, sorto in una bellissima posizione di fronte al lago.
La parrocchia coltivava da lungo tempo il sogno di costruire il suo oratorio per esprimere concretamente l’amore della Chiesa per i suoi figli più giovani e per formare, in collaborazione con le famiglie, una comunità viva e preparata per integrare la fede con la vita. L’attuale prevosto, don Giampaolo Cozzi, entrato in San Biagio il 3 agosto 2008, sta proseguendo l’opera intrapresa dai predecessori con passione e competenza applicando, come chiesto dalla Chiesa di Como, anche un’attività di pastorale integrata in piena collaborazione con i parroci della Pieve per una crescita cristiano culturale atta all’unità ed alla condivisione di un cammino di fede comune.

Grande attenzione è sempre stata dedicata dai parroci alla Scuola Materna Angelo Custode istituita nel 1902 dal prevosto Martinetti e divenuta Ente Morale nel 1950 sotto la guida preziosa delle suore della Divina Provvidenza per quasi cento anni.
L’attuale edificio fu eretto su un appezzamento di terreno detto “Liguron” donato all’asilo dai nobili Orombelli.
Per iniziativa di don Marino e grazie alla collaborazione e partecipazione di tutta la popolazione il nuovo asilo fu inaugurato nel 1956.
Nel 1993  la Scuola Materna è diventata “…Ente con personalità giuridica di diritto privato, quale espressione dell’impegno educativo della comunità locale”.
L’edificio fu rimesso a nuovo e gli impianti adeguati alle normative vigenti.
La Comunità Parrocchiale, che ha compreso il valore della formazione umana e cristiana dei propri bambini fin dai primi anni, si è presa a cuore la Scuola Materna con grande impegno e con la collaborazione di insegnanti competenti e motivati.