Narra la tradizione che una Madonna col. Bimbo benedicente, dipinta sopra un cappelletta nella vigna Scanagatta sulla sinistra dell’Albano, e chiamata la Ma­donna del Fiume perchè nella piena del 1533 era ri­masta illesa in mezzo alla rovina, nel pomeriggio del 6 settembre del 1553, dopo il vespro, essendo il tempo perfettamente sereno, senza nubi nè pioggia, fece cadere lacrime dall’occhio destro sulla mensola ai suoi piedi. Mentre in Como solo nel 1615 per iniziativa del vescovo Archinto si istruiva il processo canonico in pro­posito, la popolazione di Dongo, impaziente di testimo­niare la sua riconoscenza alla Vergine che col suo pian­to l’aveva messa in guardia dal pericolo dell’eresia lu­terana che s’avvicinava dai Grigioni attraverso la Val­tellina, eresse già dal 1553 un piccolo tempio attorno all’affresco che da allora chiamò Madonna delle Lagrime. Nuovi miracoli, l’accorrere dei fedeli e l’offerta di ele­mosine diedero modo di costruire una chiesa più grande ove fu trasferita l’immagine e che all’atto della visita del Ninguarda non era ancora terminata. Al servizio della nuova chiesa, nel 1615, il vescovo Archinto destinò un gruppo di Francescani Minori a cui il Comune di Dongo offri la chiesa stessa ed il convento costruito a sue spese nel 1619. Compito dei frati era di assistere la guarnigione spagnola del Forte di Fuentes: per questa ragione il governatore don Francesco Garzento, morto nel 1624, volle esser sepolto nel convento (la sua pietra tom­bale con lo stemma si trova ancora murata nell’andito vicino alla sagrestia). Durante la pestilenza del 1630 quei religiosi si prodigarono in modo mirabile e fra essi specialmente il Padre Giovanni. Soppresso il convento al tempo di Maria Teresa (5 settembre 1771), fu riaperto dietro ricorso il 9 maggio 1772, ma poi nuovamente evacuato da Napoleone I (25 aprile 1810), fu acquistato dai fratelli Polti-Petazzi di Dongo allo scopo di mantenere il santuario aperto al pubblico ed il convento libero per l’eventuale ritorno dei .religiosi, i quali infatti vi poterono rientrare nel 1883. Nuovo allontanamento nel 1866 e successivo ritor­no nel 1871, dietro ricorso dei fratelli Manzi, i quali, come eredi dei Polti-Petazzi, ne avevano fatto valere i diritti di proprietà. Infine donna Giuseppina Manzi, do­po avere contribuito ai restauri di chiesa e convento e regalato le corone d’oro e brillanti per le immagini della Madonna e del Bambino, fece donazione di tutta la pro­prietà alla Provincia dei Frati Minori di Lombardia (1936-1937). Nel santuario, a una nave con due cappelle per lato preceduta da portico su quattro colonne, la cappella maggiore reca sull’altare l’antico miracoloso affresco del­la Madonna delle Lagrime (altro ve n’è, e potrebbe anche essere l’originale, conservato su parte di muro racchiusa da cornice nel refettorio dei Padri, buon affresco cin­quecentesco dalla firma indecifrabile); a destra la cap­pella della Crocifissione con grandi statue in legno (Gesù in croce fra i ladroni, Maria e le pie donne, Ni­codemo, Giovanni d’Arimatea), e la cappella di s. Fran­cesco con una tela di frà Gerolamo Cuttica da Premana; a sinistra la cappella dell’Ultima Cena con le tredici statue in legno di grandezza naturale scolpite nel ‘600 da frate Diego Giuriati. Tutte quante le cappelle sono completate da affreschi, alcuni di buona mano. Nel 1945 il Comune di Dongo pose a fianco della facciata del santuario una lapide di riconoscenza alla Vergine che aveva protetto il paese da insidie di guer­ra all’atto dell’arresto nelle sue terre di potenti in fuga (v. cap. II, 19) aprendo così nuove ore di pace. Nulla di interessante nei due chiostri, di cui il primo ebbe un lato affrescato nel ‘600; ricchissima invece la biblioteca che contava, secondo l’elenco del 1866, ben 7852 volumi tra cui incunabuli e manoscritti; tra essi cinque antifonari con preziose miniature (il più noto è quello del sec. XV di anonimo); altro corale pure ricco di miniature con la firma di frate Ferdinando da Vico-mercato (1699) è di proprietà della plebana di s. Ste­fano e proviene dalla biblioteca di questo convento.